Prace domowe na zajęciach oddajemy na “arkuszach zadań” wykonanych w RMarkdown. Po każdych zajęciach na stronie kursu pojawia się do ściągnięcia plik. W pliku tym zaznaczone są miejsca, które trzeba uzupełnić własnym kodem R zgodnie z poleceniami do zadań. Taki plik należy następnie zapisać i załadować jako odpowiedź na zadanie na stronie kursu.

Co to jest RMarkdown?

RMarkdown jest oprogramowaniem pozwalającym tworzyć dokumenty łączące tekst pisane, kod R oraz rezultaty wykonania kodu R (obrazy, tabele, obliczone statystyki itp.)

Co muszę wiedzieć o RMarkdown, żeby oddać pracę domową?

• Dokumenty RMarkdown tworzone są w składni Markdown. Podstawowe konstrukcje wyglądają tak:

    # Nagłówek pierwszego stopnia (odpowiednik <h1> w HTML)
    ## Nagłówek drugiego stopnia

    *Ten tekst będzie pochylony*, **ten będzie pogrubiony**, ***ten zaś będzie i pochylony i pogrubiony***.

    1. Wyliczenia numerowane są w pliku wynikowym automatycznie.
    3. Numeracja w pliku źródłowym nie ma znaczenia
    * można tworzyć zagnieżdżone wypunktowania
      * nie jest to żaden problem

• kod R w dokumentach RMarkdown umieszcza się tak:

    ```{r}
    hist(rnorm(200)) # Histogram 200 liczb z wylosowanych z rozkładu normalnego
    # Znaczki kończące i rozpoczynające blok kodu wpisuje się za pomocą 
    # klawisza z tyldą ``` a nie z cudzysłowiem '''.
    # To są backticki a nie apostrofy!!!
    ```

• Podstawową operacją wykonywaną na plikach RMarkdown jest “knitowanie”. Polega ono na wykonaniu kodu, znajdującego się w komórkach z kodem i na stworzeniu dokumentu HTML (lub DOCX lub PDF) z tekstem, kodem oraz wynikami. Plik najłatwiej sknitować otwierając go w RStudio i klikając na przycisk “Knit”. Wszystkie prace domowe muszą się poprawnie knitować. Oznacza to, że po naciśnięciu przycisku ma powstawać plik wynikowy.

• Podczas pracy z R katalog roboczy uzyskać można za pomocą polecenia getwd(), jednak w przypadku knitowania dokumentu RMarkdown katalog roboczy to katalog, w którym znajduje się plik .Rmd! Należy na to bardzo uważać, bo jest to źródło błędów.

• Pliki z danymi należy więc umieścić w tym samym folderze, co plik .Rmd oraz podać do niego relatywną ścieżkę. Jest mi bardzo nieprzyjemnie jak muszę zmieniać w pliku wszystkie ścieżki z “C:\Users\PuszekOkruszek\OkrutneZajęciaZR\prace_domowe\dane_do_zadanka1.csv” na “zad1.csv”.

• Nie należy umieszczać w pliku Rmd poleceń do instalowania pakietów [install.packages(‘futurama_color_palette’)]. Należy założyć, że mam zainstalowane na swoim komputerze wszystkie biblioteki R i umieścić tylko library(nazwa_pakietu).

• Jeżeli pliki z pracami domowymi otwierają się bez polskich znaków należy KONIECZNIE kliknąć w RStudio File -> Reopen with Encoding -> UTF-8. To samo kodowanie należy wybrać kiedy samemu tworzy się plik Rmd (np. do “większych” prac domowych). UTF-8 jest międzynarodowym standardem kodowania znaków i nie będę zgadywał Państwa kodowania.

Gdzie mogę dowiedzieć się więcej o tym systemie?

• W internecie np. na https://rmarkdown.rstudio.com/

• Jeżeli będą chętni mogę przygotować nieco dłuższe wprowadzenie i umieścić je w internecie.